谈到经济适用房的问题，茅于轼认为，目前，全国都在推经济适用房，但是经济适用房既没有平等，又没有效益。之所以说没有效益是因为经济适用房不是资产分配，没有物尽其用。“经济适用房便宜是由于土地便宜，而便宜的土地是用低价从农民手中买入的。拿农民的土地盖经济适用房，这是一种不平等交换。有人认为经济适用房好，因为谁的利益也不受损失，但是我认为现在其损害了农民的利益。”茅于轼说，“另外，如果家想买到便宜的经济适用房，就会出现贿赂有权分配指标的人的现象，这就会滋生腐败。在有的地方，为了防止出现这种情况，经济适用房的分配通过抽签来解决，但是这也不是一个好方法，因为参加抽签要经过审核，谁又有权力来进行审核呢？并且，抽签原则事实上是带些赌博性质的分配原则，也是不合适的。
　　当有人表示，网上不少人士对其“经济适用房应该停止”等观点有所非议的时候，茅于轼半开玩笑地表示：“我知道网上有很多人骂我，我想骂我的人是因为他们可能会买到经济适用房。”