虽然职能式结构具有一些优点，但是其缺点也是很明显的：

　　(1)项目管理没有正式的权威性。由于项目团队成员分散于各职能部门，团队成员受其所在职能部门与项目团队的双重领导，而相对于职能部门来说，项目团队的约束显得更为无力。

　　(2)项目团队中的成员不易产生事业感与成就感。团队中的成员普遍会将项目的工作视为额外工作，对项目的工作不容易激发更多的热情。这对项目的质量与进度都会产生较大的影响。

　　(3)对于参与多个项目的职能部门，特别是具体到个人来说，不容易安排好在各项目之间投入力量的比例。

　　(4)不利于不同职能部门的团队成员之间交流。

　　(5)项目的发展空间容易受到限制。