对疑为NTM肺病患者可取痰液涂片作抗酸染色、痰液培养、支气管灌洗标本培养。如抗酸染色阳性，应培养后鉴定。如2～3次培养为同一种NTM，即可诊断。对NTM脑膜炎、血源性播散性NTM患者可进行脑脊液、血液或骨髓培养。